Экскурсия по пещере проводится гидом, к экскурсантам предъявляются достаточно высокие физические требования, поскольку маршрут включает в себя около 400 ступенек, а разница в уровнях по высоте – 42 м. По этой причине участие в ней не рекомендуется посетителям с заболеваниями сердца и опорно-двигательного аппарата.

Посетителей наверняка заинтересует выбитая над входом в пещеру дата (1863) – год, в котором подземелье Пацовой горы вошло в сознание человека. За металлической решеткой, которая сама находится уже на уровне 9 м ниже входного пространства, Входным коридором начинается спуск 32-метровой глубины, который по прошествии нескольких метров поворачивает в Шварценбергский коридор. С каждой ступенькой, на изготовление которых был использован только камень из пещеры, посетитель все глубже опускается во внутреннее пространство горы. Стены коридора образованы разноцветным серо-белым с потеками мрамором с вкраплениями зелено-черного амфиболита. И хотя лестница довольно крутая, большинство туристов все равно будут удивлены видом, который им откроется в нижней части коридора. Так называемая Чертова лестница действительно заслуживает своего названия. Проходя по ней, не каждый обратит внимание на необычный цвет потолка над собой. После перехода мостика за Хлебной печью – первая остановка на маршруте: Жижкова стрельба получила свое название от углублений в потолке, напоминающих отверстия, пробитые пушечными ядрами. При мощном освещении здесь также хорошо видна разноцветная окраска стен пещеры.

Доминирующее пространство пещеры – Часовня св. Войтеха. Прослушивание вводной части токкаты и фуги ре минор И. С. Баха является уже неотъемлемой составной частью этой экскурсии. После включения всех светильников в скале виден металлический крест. Им был заменен изначальный деревянный крест, размещенный здесь кустодами Земского музея в г. Праге уже при первых проводившихся ими исследованиях. Над крестом сохранилась подпись одного из первооткрывателей пещеры Яна Стрнада с датой 14 июля 1863 г. Совершенно уникальна вершина часовни, на которой на нескольких уровнях друг над другом возникло множество натечных образований, так называемых «чашек». В фойе стоит каменный черт в качестве упоминания о трудной работе по обеспечению доступа в пещеру. Через несколько дальнейших ступенек спуск заканчивается на глубине 51 м под поверхностью озерца Пуркине. Из тьмы недоступных частей пещеры слышен водопад подземного водотока, который по прошествии двух дней подземного странствования выбивается в виде ключа на поверхность. На северной стене коридора нельзя не увидеть образования с названием «глаза» – эворзионные котлы, форма которых свидетельствует о различной растворимости горных пород. Своим совершенством особенно интересен «глаз Пуркине».

Все глубже расположенные части пещеры находятся уже ниже уровня воды. От озерца Пуркине посетитель поднимается к Голове дракона. За этой неординарной кулисой ранее экскурсия продолжалась по Маловецкому коридору вплоть до Чертова озерца. Однако доступ к данной части был обеспечен установкой всего лишь нескольких металлических ступенек. Поэтому сегодня этот путь может быть использован только в случае необходимости в качестве аварийного выхода. Сегодняшний туристический маршрут продолжается по Соединительному коридору к Костру ведьм. Просвечивающиеся друзы известняка создают впечатление действительно горящего огня. За костром лежат два единственных больших капельника из карстовых полостей, уничтоженных в ходе карьерной добычи на Пацовой горе. Самый большой из таких капельников длиной 157 см находится в музее в г. Собеслав. После преодоления последней сотни ступенек посетитель снова возвращается во входное пространство.