Von der Karstschlucht Pustý žleb gelangen die Besucher in Begleitung eines Führers in die freien Räume des trockenen Abschnitts der Punkva-Höhlen durch einen künstlich angelegten Stollen.

Sie betreten die langen Räume des sog. Vorder-Domes. Am Wächter, einem 4 Meter langen Stalaktit, gelangen Sie zu einer im Zuge der Grundrenovierung im Jahr 1996 errichteten Brücke. Von der Brücke eröffnet sich ein Blick auf die wunderschön geschmückte Wand des Vorder-Domes und den mächtigsten Tropfstein der Punkva-Höhlen, den Stalagnat mit dem Namen Salm-Säule. Im hinteren Bereich des Domes befindet sich der sog. Spiegelsee. Darin spiegeln sich interessante Tropfsteingruppen, u. a. der sog. Umgedrehte Regenschirm, die Zwei Eulen, die Felsburg oder das Türkische Minarett. Auf der gegenüberliegenden Seite sind typische Rinnenkarren zu finden.

Der Rundgang führt weiter durch den Siphon, die tiefste trockene Stelle der Punkva-Höhlen, die in früheren Zeiten oft geflutet wurde. Heute wird der Wasserstand automatisch über eine Pumpe geregelt.

Über eine lange Treppe gelangen die Besucher in den Reichenbach-Dom, einen Dutzende Meter hohen, mächtigen Raum. Die Tafeln mit den Jahreszahlen 1914 und 1938 zeigen den höchsten Wasserstand der Punkva bei Hochwasser. Die Decke durchbrechen einige hohe Schlote und vom Dom aus verlaufen horizontale unzugängliche Gänge der Kalzit-Höhlen mit reinem, transparentem Tropfsteinschmuck.

Die Route führt weiter durch den schön geschmückten Stalagmitengang in den Hinteren Dom. Bemerkenswert an diesem Raum sind die beiden Stalagmiten mit einer ebenen Abschlussfläche: der Zwerg und die Vase. Die Fläche entstand durch das Spritzwasser von aus großer Höhe herunterfallenden mächtigen Tropfen. Der Hintere Dom besticht auch durch eine Tropfsteingruppe mit dem Namen Türkischer Friedhof und einen langen Stalaktiten, die sog. Nadel. Die Besucher steigen eine Treppe in den Saal Am Engel ab, einem mächtigen Stalagnat mit einmaligen Formen. Von da aus verläuft ein Tunnelgang zurück zum Siphon, die Führung geht jedoch weiter durch einen künstlichen Stollen bis zum Grund der Schlucht Macocha. Von dort eröffnet sich ein atemberaubender Blick auf die monumentalen, 138,5 Meter hohen Felswände. Auf dem Grund der Schlucht unter dem Weg sind zwei Seen und das sog. Blinde Strombett zu sehen, durch das bei höheren Wasserständen aus dem sog. Předmacošský-Siphon die Punkva aus der Amateurhöhle zufließt. Der Obere See ist ca. 13 Meter tief und der Untere See, mit dem die Punkva in noch tiefere Räume hinabfließt, hat nach Höhlentaucher-Erkundungen aus dem Jahr 2000 eine Tiefe von 49 Metern. Die Besucher bekommen hier die Sage über die Schlucht Macocha erzählt und gehen dann weiter zum Anlegeplatz, woher es mit einem Motorboot weitergeht. Der erste Abschnitt der Bootsfahrt führt über den Altarm der Punkva an hohen Schloten vorbei zum sog. Vierziger. Hier, aus einem Gang tief unter der Wasseroberfläche, quillt die Punkva ins Freie, sodass die Fahrt über einen aktiven Wasserlauf weitergeht. Die Besucher sehen unter dem Wasser beleuchtete Felsenbrücken und gelangen über die Märchenseen bis zu einer unterirdischen Anlegestelle. Hier steigen sie aus und gelangen über den sog. Biber-Saal, in dem Professor Absolon einst alte Biberknochen gefunden hat, in den Masaryk-Dom mit dem eindrucksvollsten Tropfsteinschmuck. Der Dom wurde bei den Deckensprengungen 1920 entdeckt und verbirgt bis heute zahlreiche Tropfröhrchen und Stockstalaktiten, die von einem mächtigen, durchleuchteten Stalagnat, der sog. Hus-Säule, dominiert werden. Danach geht es wieder zurück in die Boote und durch einen niedrigen, vom Tageslicht beleuchteten Gang bis zur Quelle der Punkva.