Die Höhlen sind ein einzigartiges geomorphologisches Phänomen, eine Fundstelle von paläozoischen Versteinerungen und eine mineralogische Lokalität von weltweiter Bedeutung.

Sie besitzen eine relativ reiche und abwechslungsreiche Tropfsteindekoration, die alle fünf Generationen der Höhlendekoration des Böhmischen Karstes repräsentiert, von den subtilen kristallinen und Koralit-Aggregaten über Makkaroni, Stalaktiten und Stalagmiten, kleine Sinterdämme mit Höhlenperlen, bis zu den massiven Sinterfahnen, Bodenschichten und dem größten Stalagmiten Böhmens; weltweit einzigartig sind die so genannten Rosetten von Koněprusy mit eingeschlossenen Opalen.

Es handelt sich um einen wichtigen paläontologischen Fundort knöcherner Überreste von Wirbeltieren und anderen, vorwiegend ausgestorbenen Tierarten, die das Gebiet Mittelböhmens seit dem Tertiär bewohnten (zum Beispiel Bären, Wollnashörner, Höhlenlöwen, Auerochsen, Pferde, Wölfe, Affen und so weiter).